Naukowcy z UAM stworzyli narzędzie, które pomoże w projektowaniu leków przeciwko COVID-19

Poznańscy naukowcy cały czas włączają się w walkę z pandemią.

Prof. Mariusz Jaskólski z Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu i Instytutu Chemii Bioorganicznej PAN stworzył zespół, który podjął się weryfikacji struktur białek koronawirusa - struktur o podstawowym znaczeniu dla tworzenia leków przeciw COVID-19. Efektem prac jest dostępne tutaj narzędzie internetowe, dające badaczom łatwy podgląd postępu w tej dziedzinie oraz przystępną prezentację oceny jakości poszczególnych modeli, a w szczególnych przypadkach korygujące wykryte niedociągnięcia i błędy.

- Sprawdziliśmy dokładnie wszystkie modele białek koronawirusa SARS-CoV-2 i przedstawiamy nasze wyniki w sposób zrozumiały dla odbiorców z szerokich kręgów biomedycznych. Modele strukturalne, także te oparte na solidnych danych doświadczalnych, zawsze zawierają element subiektywnej interpretacji oryginalnego autora i mogą być nieraz niedoskonałe lub wręcz niepoprawne, szczególnie jeśli tworzone były w pośpiechu - zrozumiałym w świetle szalejącej pandemii. Dlatego tak ważne jest, by modele te zostały sprawdzone, i ewentualnie poprawione, oraz otrzymały znak jakości od niezależnych inspektorów. W większości przypadków wystarczyły drobne korekty. Jednak niekiedy potrzebne było daleko idące przemodelowanie, szczególnie w newralgicznych obszarach oddziaływań białka z ligandem, które bezpośrednio rzutują na projektowanie leków. Kryzys epidemiologiczny COVID-19 wymaga, by struktury elementów białkowych SARS-CoV-2 wyznaczone były z najwyższą dokładnością - tłumaczył prof. Jaskólski.

Badacze używają takich modeli na różne sposoby: od wspomaganego strukturą projektowania leków, przez trenowanie algorytmów komputerowych przewidujących najlepsze leki, po planowanie kolejnych eksperymentów. Z tego względu kluczową rolę odgrywa dokładność modelu startowego. Sytuacja alarmowa wywołana pandemią sprawia, że większość modeli struktury białek koronawirusa Cov-2 deponowana jest w światowym Banku Struktur Białkowych (Protein Data Bank, PDB) jeszcze przed opublikowaniem i przed dokładnym sprawdzeniem przez recenzentów.

W zespole prof. Jaskólskiego pracują: dr Alexander Wlodawer, National Cancer Institute (NCI), USA; dr Zbigniew Dauter, NCI & Argonne National Laboratory, USA; dr Ivan Shabalin, University of Virginia (UVA), USA; prof. Mirosław Gilski, UAM & IBCH; dr Dariusz Brzeziński, Politechnika Poznańska & IBCH oraz UVA; dr Marcin Kowiel, IBCH; prof. Wladek Minor, UVA; oraz dr Bernhard Rupp, k.k. Hofkristallamt, USA i Medical University Innsbruck, Austria.